船运公司和制造商表示尼日利亚海关清关程序冗长繁琐，清关成本上升约50%。

缓慢的清关程序导致船运公司和港口操作的滞留费和存储费上涨，增加了不必要的操作成本。

海关集装箱的清关时间大约为14到21天，进口成本上涨50%，出口成本上涨61%。

拉各斯州船运协会主席Jonathan Nicole表示尼国海洋系统充斥着寻租行为，他们拒绝接受现代快速货物清关技术，不愿意为船运公司节省成本。

“政府需要采取措施解决问题，因为高的清关成本转化成高的生产成本，导致产成品价格的上涨”。

清关成本可以通过海关电子支付系统、电子集装箱装载清单系统、电子检验以及采取所有港口运营商通过一个平台和电子许可信息交流与各大政府机构联系的方式降低清关成本。这些清关方式已经在周边国家个发达国家推广使用，而尼国仍旧沿用传统的方式人工处理本可以通过电子计算机技术处理的问题。